Nhà phát triển đã tạo nên cho Septerra Core một lối chơi hoàn toàn mới mẻ. Đồng thời nó cũng tiếp thu được thế mạnh của các trò chơi nhập vai khác như Final Fantasy VII, VIII hay Chrono Trigger. Nhưng không giống với những trò RPG khác, trong SC mỗi nhân vật có đến 9 kỹ năng hay chiêu thức (skill) với độ mạnh yếu và công dụng khác nhau. Những kỹ năng này được các nhân vật học trong suốt quá trình phiêu lưu hoặc có được khi đã thực hiện xong một nhiệm vụ và ki cả hai nhân vật phải có cùng một nhóm. Đó là trường hợp của Grubb và Led với Grubb Combo và Led Combo. Sự phong phú về chiêu thức tấn công khiến người chơi phải có chiến thuật hợp lý hơn chứ không chỉ đơn giản là tấn công liên tục như các trò chơi khác.

Chiến đấu trong SC là kiểu đánh chiến thuật theo lượt (turn-based strategic combat), dựa trên tốc độ (speed) và cột thời gian (time bar). Nhưng cái khác là cột thời gian trong SC được chia ra thành 3 đoạn. Đoạn 1, nhân vật có thể thực hiện chiêu thức cấp yếu, đoạn 2 là những chiêu thức cấp trung và đoạn 3 là chiêu thức mạnh nhất. Song khó có thể nói chiêu thức nào là mạnh hơn vì điều đó còn tùy thuộc vào chiến thuật của người chơi.

Maya và các bạn của mình trong khi phiêu lưu phải đụng độ rất nhiều đối thủ. Mỗi đối thủ lại có những chiêu thức riêng. Điều đó khiến cho cuộc chiến trở nên khá vất vả cho dù người chơi ở cấp độ (level) nào. Và trong một số trận đấu, người chơi chỉ có thể thắng bằng sự nhanh trí. Hơn nữa, những trận đấu trong game không còn mang tính chất ngẫu nhiên (random combat) như loạt game Final Fantasy. Các đối thủ mà người chơi gặp sẽ hiện ra trên màn hình, đi tuần hay phục kích trong ngõ tối giúp người chơi có thể né những trận đánh không cần thiết.[3]

Hệ thống phép thuật (magic system) trong game bao gồm những lá bài phép (fate card) rất đặc biệt và đầy uy lực. Có các lá bài phép rất quen thuộc, thường thấy trong các trò RPG khác như Nước (Water), Lửa (Fire), Không khí (Air), Đất (Earth)… nhưng cũng có những lá bài đặc trưng của SC như Law, Chaos. Các lá bài này lại có thể kết hợp với nhau tạo nên vô số phép thuật khác nhau. Ví dụ như khi người chơi sử dụng lá bài Fire (Lửa), nhân vật sẽ niệm phép lửa; nhưng khi kết hợp lá bài Fire (Lửa) với lá bài Summon (Triệu Tập), nhân vật sẽ triệu tập thần lửa để tấn công. Người chơi có thể kết hợp tối đa 3 lá bài. Với cách kết hợp như vậy, người chơi có thể tạo ra trên 100 các câu thần chú khác nhau. Ngoài ra, các đồ dùng, vũ khí… trong SC cũng rất phong phú. Ngoài ra người chơi có thể sử dụng thêm các loại đồ chữa trị (healing item) để phục hồi máu, máy (core engine), nhẫn (ring)… để tăng chỉ số, sức tấn công. Đặc biệt, còn có các món đồ khóa (key item) cực kỳ quan trọng để tiếp tục trò chơi.

Giao diện và các menu trong SC rất đơn giản, không có những lệnh, tùy chọn (option) phức tạp gây khó chịu cho người chơi như thường thấy ở các game khác. Hơn nữa SC có khả năng lưu trò chơi (save) ở bất cứ nơi nào. Cách điều khiển nhân vật cũng rất dễ dàng chỉ bao gồm việc nhấn và giữ phím trái chuột.

Ngoài những cuộc phiêu lưu chính theo kịch bản, người chơi còn có thể tìm thấy một loạt các nhiệm vụ thêm (sud-quest) rất hấp dẫn. Các câu đố và nhiệm vụ trong SC không quá khó nhưng rất lô-gic, khiến người chơi phải động não suy nghĩ. Ngoài việc phải biết kết hợp đúng cách các món đồ (key item), nói chuyện để tìm manh mối, vượt qua các mê cung dài (maze), đôi lúc người chơi còn phải vận dụng trí nhớ, phân tích các chuỗi sự kiện suốt trò chơi để tìm ra con đường đi tiếp. Các manh mối giải đố được các tay thiết kế câu đố (riddledesigner) giấu khá kỹ và tinh tế. Chính vì vậy, người chơi không phải chỉ hiểu được lời thoại là chơi được ngay. Đây cũng là điểm hấp dẫn nhất của SC cũng như của thể loại RPG nói chung.[4]